Родился в 1949 г. в городе Ровеньки Ворошиловградской (ныне Луганской) области. Кроме него, в семье был младший брат, старшая сестра умерла в годы войны. Воспитанием детей занималась мать Анастасия Михайловна, которая была глубоко верующим человеком. С самого раннего возраста она приносила сына в храм на богослужения. В 1968 г. окончил Славянский техникум железнодорожного транспорта. В 1972 г. окончил Одесскую духовную семинарию и в том же году поступил в Ленинградскую духовную академию. 5 января 1974 г. митрополитом Ленинградским и Новгородским Никодимом (Ротовым) пострижен в монашество c именем Мефодий в честь святого равноапостольного Мефодия Солунского. 7 января в Николо-Богоявленском кафедральном соборе Ленинграда тем же архиереем был рукоположён в сан иеродиакона. 24 апреля того же года в храме святого апостола Филиппа в Новгороде митрополитом Никодимом (Ротовым) рукоположён в сан иеромонаха. Нёс пастырское послушание в Успенском храме Новодевичьего монастыря в Москве. В том же году был зачислен в штат Отдела внешних церковных сношений в качестве референта. В 1976 г. окончил Ленинградскую духовную академию со степенью кандидата богословия за сочинение «Миссионерские труды митрополита Московского и Коломенского Иннокентия (Вениаминова), апостола Америки» и был принят в аспирантуру при Московской духовной академии. В 1976 - 1977 гг. посетил Финляндию, Болгарию и Афон в составе делегаций Московского Патриархата. 4 апреля 1977 г. назначен заместителем председателя ОВЦС, возведён в сан архимандрита. С сентября 1979 г. служил в Малом соборе Донского монастыря и в Московском храме Ризоположения Господня. 27 апреля 1980 г. в Сергиевском трапезном храме Троицкой-Сергиевой Лавры хиротонисан во епископа Иркутского и Читинского, временно управляющего Хабаровской епархией. Хиротонию совершали: патриарх Московский и всея Руси Пимен, архиепископы Волоколамский Питирим (Нечаев), Дмитровский Владимир (Сабодан), Рязанский и Касимовский Симон (Новиков), Орловский и Брянский Глеб (Смирнов), епископ Пензенский и Саранский Серафим (Тихонов). В начале 1980-х годов — член Иркутского областного комитета защиты мира. 16 июля 1982 г. решением Священного Синода назначен епископом Воронежским и Липецким. Епархия на тот момент объединяла Воронежскую и Липецкую области. 18 июня 1985 г. назначен председателем Хозяйственного Управления Московской Патриархии с возведением в сан архиепископа. По свидетельству епископа Алипия (Погребняка), в бытность председателем Хозяйственного управления в своей епархии бывал нечасто: «Прилетит только на Пасху, на Троицу и в тот же день обратно». 1 апреля 1988 г. возведён в сан митрополита. 4 июля 1988 г. за активное участие в подготовке и проведении празднования 1000-летия Крещения Руси награждён именной панагией. 20 октября 1988 года освобождён от должности Председателя Хозяйственного управления. В 1998 г. назначен председателем Фонда по премиям памяти митрополита Московского и Коломенского Макария (Булгакова). С 17 марта 2001 г. по 7 февраля 2004 г. - член Совета по взаимодействию с религиозными объединениями при Президенте Российской Федерации. В сентябре 2001 года был включён в состав Российского организационного комитета «Победа». 7 мая 2003 г. решением Священного Синода назначен митрополитом Астанайским и Алма-атинским и главой новообразованного Казахстанского митрополичьего округа. При этом он был уволен с должности главы Историко-правовой комиссии РПЦ, а также руководителя Макариевского фонда. Подобное решение Синода было расценено наблюдателями как его поражение в развернувшейся после октября 2002 года борьбе за наследование Патриаршего престола, ввиду болезни Патриарха Алексия II. 5 марта 2010 г. решением Священного Синода назначен митрополитом Пермским и Соликамским. 27 декабря 2011 г. утверждён в должности настоятеля (священноархимандрита) Свято-Троицкого Стефанова мужского монастыря города Перми и Белогорского Николаевского мужского монастыря деревни Белая Гора Пермского края. 19 марта 2014 г. Священный Синод назначен главой вновь образованной Пермской митрополии с титулом митрополит Пермский и Кунгурский и временно управляющим Соликамской епархией.
22 августа 2012 г. высокопреосвященнейший Мефодий, митрополит Пермский и Соликамский, совершил архиерейский визит в город Чермоз Ильинского района. Во время своего визита владыка возвел в сан архимандрита 82-летнего настоятеля Успенского храма иеромонаха Тихона (Безукладникова).