Родился 2 августа 1831 г. в селе Баклан Мглинского уезда Черниговской губернии, в семье крепостного графини Е.С. Уваровой (ее муж был министром народного просвещения, придумавший формулу "православие - самодержавие - народность"). Благодаря благосклонности графини, семье удалось получить вольную, переехать в Новгород-Северский и определить будущего краеведа в народное училище, а после в гимназию, которую он окончил с золотой медалью. Потом Шишонко поступает в Харьковский университет, а через два года переводится в Санкт-Петербургскую медико-хирургическую академию. В 1856 г., после окончания академии, Василий Никифорович направлен в Вологодскую губернию уездным врачом, где проработал до 1862 г. Там он женился, а после смерти родных вышел в отставку и решил вернуться на Украину. Однако, болезнь малолетнего сына (ехали зимой на перекладных) и недостаток средств заставили его временно осесть в Орловской губернии и заняться врачебной практикой. Из города Орла, где было много врачей и высокая конкуренция, Шишонко по совету коллег переезжает в Елец, где ему удается обеспечить себя материально. Там же Шишонко впервые в жизни запускает свой первый социальный проект – при содействии местного помещика Александрова открывает в селе Панишковец кумысо-лечебное заведение, чтобы лечить туберкулезных больных. В сентябре 1863 г. в поисках более стабильного способа существования (лечебная частная практика - доход непостоянный, зыбкий) Шишонко прибывает в Пермь на место старшего члена врачебной управы. 7 октября 1863 г. Шишонко - исполняющий дела старшего врача Александровской больницы. С 1868 г. служил секретарем Губернского статистического комитета. В 1879 - 1889 гг. занимал пост инспектора народных училищ Пермской губернии, успешно проявив себя в качестве организатора народного образования. В 1866 г. Шишонко сталкивается с архивными делами. Бернгард Васильевич Струве, тогдашний губернатор Перми, приказывает привести в порядок дела врачебной управы с 1793 по 1863 гг. Архив станет его всепоглощающей страстью. За это Шишонко назовут "пермским Нестором летописцем". Сделал весомый вклад в изучение истории Урала, составив "Пермскую летопись" в 7-ми томах. За этот далеко не научный труд на научно-промышленной выставке в Екатеринбурге в 1887 г. он был удостоен Большой серебряной медали. В то же время этот труд вызывал и вызывает по сей день серьезную критику со стороны профессиональных историков за дилетантский подход Шишонко к исторической тематике. Также написал книгу по истории народных училищ Соликамска и Соликамского уезда и ряд практически полезных изданий, например: "Приготовление кумыса из кобыльего и коровьего молока". Кроме того, Шишонко собирал фольклор: песни, былины и легенды, бытующие в Прикамье. Его рукопись "Народное творчество Пермской губернии" осталась неизданной, но часть собранного материала вошла в книгу "Отрывки из народного творчества Пермской губернии" (Пермь, 1882 г). Пермский врач, педагог и краевед, действительный статский советник скончался 17 ноября 1889 г., похоронен в Перми на Егошихинском кладбище. В 2007 г. там был установлен памятник и проложена благоустроенная дорожка - "тропа Шишонко".