Родился 20 января (1 февраля) 1866 г. в городе Спасске Казанской губернии. Рос в провинциальной мещанской семье. Его отец - Николай Андреевич Варгин, сын бывшего крепостного крестьянина, держал в Спасске бакалейную лавку и слыл известным в округе оптовым торговцем спиртными напитками. Родители послали его учиться в город Екатеринбург, где Владимир в 1884 г. окончил с серебряной медалью местную классическую гимназию. Затем он отправился в город Москву и поступил в Петровскую (ныне Тимирязевскую) земледельческую академию. В 1888 г. успешно окончил академию и уже вскоре был удостоен степени кандидата сельскохозяйственных наук за сочинение "Зеленое удобрение и значение его для крестьянских хозяйств Пермской губернии". С 1889 г. по 1899 г. трудился земским агрономом в городе Красноуфимске Пермской губернии. Он заведовал фермой, был преподавателем специальных дисциплин и руководил практическими занятиями в Красноуфимском среднем сельскохозяйственном училище. На учебной ферме впервые на Урале применил осеннюю зяблевую вспашку, заменил традиционное трехполье на многопольные севообороты, пропагандировал минеральные туки, внедряя результаты своих опытов в крестьянских хозяйствах региона. В 1899 г. поселился в городе Перми, где жил и работал до конца своих дней. С 1899 г. по 1913 г. занимал должность губернского агронома Пермского губернского земства. В этой должности занимался проведением мероприятий в русле аграрной политики П.А. Столыпина. В последующие годы заведовал сельскохозяйственными опытными учреждениями в Пермской губернии, стал преподавать на агрономическом факультете Пермского университета. В 1908 г. был делегатом первого Всероссийского съезда представителей кооперативных учреждений. В 1920 г. ученые Пермского университета избрали его профессором агрономического факультета и заведующим кафедрой сельскохозяйственной экономии и организации хозяйства. Опубликовал более 150 трудов по агрономии, организации и экономике сельского хозяйства. Герой Труда РСФСР. Умер 15 марта 1936 г. в городе Перми. Похоронен на Егошихинском кладбище города Перми.
В 1924 - 1932 гг. - главный инженер Чермозского металлургического завода.