Родился в 1859 г. в селе Ильинском Пермской губернии в семье личного почетного гражданина, педагога Субботина Петра Михайловича. Ф.П. Субботин был учителем Пожвинского народного училища в Соликамском уезде Пермской губернии. Имел хороший голос, пел в церковном хоре, устраивал домашние спектакли, был образованным и интеллигентным человеком .Имел трех детей: сына Георгия и дочерей Анну и Екатерину. Скончался в 1885 г. от тифозной горячки совсем еще молодым человеком в возрасте 26 лет, в этот же день от той же болезни умер его пятимесячный сын Георгий, а через несколько дней умерла и дочь Анна. Трагически сложилась и жизнь его жены Афонасии Егоровны Субботиной (Мокрушиной), которая жила одна с дочерью. В 1919 г., в возрасте 62 лет она была арестована местными органами ВЧК(ОГПУ) и обвинена в пособничестве белогвардейской армии Колчака, за что была приговорена к исправительным работам. Последние годы жизни провела в Москве, у своей дочери Екатерины Федоровны Пашихиной (Субботиной).
В 1870-х гг. был служащим в конторе майората графа Строганова в селе Ильинском Пермской губернии.